Alors que Cobra s'apprête à dérober une pierre précieuse dans un musée, deux vaisseaux de la Guilde des Pirates se matérialisent et commencent à semer le chaos. Leur chef, Gipsy Doc, est à la recherche d'une jeune scientifique, Utopia More. Cobra va alors intervenir pour sauver la belle jeune femme...
En poursuivant la belle scientifique Utopia, Cobra atterrit sur la planète Mars. Là-bas, il découvre de mystérieux mollusques fossiles renfermant un des plus grands secrets de l’univers. Après avoir été attaqués par l’Homme de Verre, Cobra et Utopia parviennent avec peine à se réfugier dans le désert. Alors qu’ils parcourent ces terres brûlantes, ils se retrouvent nez-à-nez avec le château ambulant de l’influent Comte Bold, le Sand Castle...
Dans le mystérieux château du comte Bold, Cobra retrouve de façon inattendue son ancien ennemi, l’Homme de Verre. L’invincible Rayon Delta n’a aucun effet sur celui-ci mais Cobra réussit malgré tout à s’enfuir du château avec Utopia. Les deux fugitifs tombent sur le repaire de Gipsy Doc où ils découvrent la véritable nature des activités de Gipsy Doc…
Aidé par Armanoïde et Duck, Cobra parvient à s’échapper de la base de la Guilde des pirates de l’espace. Notre héros est bien décidé à sauver la belle Utopia de sa prison tout en empêchant le compte Bold de s'emparer de « l’œuf de l’univers ». Mais pour y parvenir, Cobra doit conclure le conflit qui l’oppose à son ennemi de toujours, l’Homme de Verre...
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