Yashiro Isana est un lycéen insouciant, coqueluche de ses camarades. Alors qu'il est envoyé en courses pour préparer la fête de son école, il est pris en chasse par une bande aux pouvoirs étranges. Alors qu'il se retrouve coincé et semble perdu, un autre inconnu s'interpose et le tire d'affaire. Mais lui aussi a des comptes à régler avec Yashiro...
Kurô Yatogami, combattant hors pair, semble avoir sauvé la vie de Yashiro. Mais le lycéen déchante quand il comprend que Kurô est à sa recherche pour l'éliminer également. Par un habile stratagème, Yashiro parvient à lui glisser entre les pattes, mais c'est alors une partie de chat et de la souris grandeur nature qui démarre. Et en parlant de chat, celui qui accompagne Yashiro a plus d'un tour dans son sac...
Kurô Yatogami a accepté de retarder l'exécution de Shiro le temps d'un repas. C'est le moment ou jamais pour ce dernier de découvrir les rouages du monde dans lequel vivent les clans Rouge, Bleu et celui de Kurô. Même si le Roi rouge est emprisonné, son clan cherche toujours à venger le meurtre d'un de ses membres. Les Bleus déploient également toutes leurs forces...
Maintenant que Kurô a accepté d'entendre les explications de Shiro, il faut que celui-ci réussisse à prouver qu'il ne pouvait pas être sur le lieu du crime à l'heure où Tatara Totsuka a été tué. Par chance, son école a été le théâtre d'une foule d'évènements cette nuit-là. Quelqu'un devrait avoir vu ce flâneur de Shiro, non ?
Les préparatifs pour la fête de l'Académie Ashinaka battent leur plein. Kurô se fait à son nouvel environnement. Pour autant, les clans rouge et bleu n'ont pas renoncé à retrouver Shiro. Deux groupes investissent donc l'île scolaire où se trouve le lycée du jeune garçon. Mais quand les deux clans se retrouvent face à face, cela fait vite des étincelles...
Alors que Kurô est convaincu de l'innocence de Shiro, c'est ce dernier qui se met à douter de lui. Malgré la preuve donnée par Kukuri, il ressent une gêne. De son côté, Izumo Kusanagi, le tenancier du bar HOMRA, rencontre une jolie jeune femme à qui il parle de Tatara Totsuka, son ami tué quelque temps auparavant par le fameux Roi sans couleur...
Alors qu'il pensait rentrer chez lui, Shiro se retrouve au beau milieu d'un stade. Apparemment, tout ce qu'il croyait savoir sur lui n'est pas exact. Alors que sa vie entière vient d'être remise en question, l'armée du clan Bleu menée par Seri Awashima arrive pour l'arrêter. Shiro ne peut rien faire, mais Kuro, lui, sera un adversaire de taille...
Shiro a créé la surprise en revenant sauver Kuro. Les trois camarades parviennent à échapper au clan bleu, mais il leur faut à présent décider de la route à suivre. Shiro n'a toujours comme seul souvenir que celui de l'homme qui l'a précipité dans le vide. Pour en apprendre plus et établir la vérité sur lui-même, Shiro va chercher de l'aide au dernier endroit imaginable...
La ville de Dresde en Allemagne à la fin de la Seconde Guerre Mondiale. Un jeune scientifique procède à des expérimentations sur une étrange table de pierre possédant un effet remarquable sur les êtres vivants. À Tokyo, dans le présent, la rencontre entre le Sceptre 4 et le Roi argenté ne s'est pas déroulée comme prévu. L'explosion du zeppelin a emporté l'hélicoptère de Shiro et les trois comparses sont introuvables...
Mikoto, le Roi rouge, a trouvé où se cache le Roi sans couleur. Dès lors, il décide de se rendre suivi de tout son clan sur l'île de l'Académie Ashinaka, l'école de Shirô et de Kukuri. Les hommes des Rouges investissent l'île et commencent à fouiller. Tout pourrait presque se dérouler paisiblement mais les risques que Mikoto fait courir à l'école mettent le clan Bleu en alerte. Une fois le barrage bleu mis en place autour de l'île, la confrontation semble inévitable...
L'affrontement n'a pas encore eu lieu, mais HOMRA se prépare à contrer l'assaut du Sceptre 4. Quand une explosion survient dans l'école, c'en est trop pour Reishi Munakata, le Roi bleu, qui ne supporte pas que la vie de lycéens innocents soit menacée. Son clan passe à l'attaque, mais un troisième participant surprise va venir compliquer cette guerre ouverte...
Au milieu du chaos semé par les deux armées qui se livrent une bataille sans merci, l'insouciant Yashiro Isana se révèle être le Roi argenté à la stupeur de ses amis. Quand celui-ci prend enfin la pleine conscience de son rôle, il ne peut pas laisser le Roi sans couleur mettre le lycée en danger. Alors que les Rois rouge et bleu s'affrontent dans leur coin, Shiro organise l'évacuation...
Les élèves ont été conduits hors de l'île par Shiro, et les clans ont cessé de s'affronter. Il ne reste plus que les quatre rois et Shiro. Ce dernier est conscient que l'affrontement entre Suô et Munakata peut mener à la catastrophe, mais il se doit d'abord d'arrêter le Roi sans couleur et de sauver Kukuri. Pour cela, il met au point un plan avec Kuro...